На 1-й слой положить видео1
На 2-й слой (над 1-м) положить видео2
На 3-й слой (над 1-м и 2-м) положить футаж ч/б маску.
Выделить 2-й слой и применить к видео2 эффект Luma Matte (находится в Layer / Track Matte).
3-й слой с ч/б маской отключится автоматически (глазок).

При таком варианте, ч/б маска (с градациями серого) применяется сразу к двум клипам. Один клип занимает место белого цвета, другой клип место чёрного цвета. Серые цвета - соответственно смесь обоих клипов.

Режимы наложения (Silhouette Luma и тд) использовать в зависимости от ваших задач.
Кое-что полезное для новичков:
Режимы наложений в After Effects:
http://nix-studio-edition.ru/tutorials/after-effects/1380-blending-modes.html
Маски в Премьере, Применение масок и работа с ними:
http://futajik.ru/forum/index.php?showtopic=566